Увидев server has gone away обычно сразу бежишь выкручивать настройки таймаутов. Выкрутил. Заливаешь… а дамп большооой, запрос длиииинный. И под конец, когда казалось бы почти готово, снова прилетает та же ошибка ERROR 2006 (HY000)
Такая ошибка также появляется в случае отправки слишком большого пакета, превышающего настройку max_allowed_packet , которая по умолчанию всего то 4M
Стоит навалить её хорошенько, в разумных естественно пределах, перезапустить mysql и всё поедет!