Запуск npm run может выдавать подобные ошибки после переноса проектов с windows на linux поскольку права на исполняемые скрипты не были установлены должным образом. Вообще после подобных переносов нужно проверять права на все файлы и каталоги в проектах и зачастую выставлять их заново, т.к. там может быть полный неадекват.
Перейдем в каталог и проверим что там у нас сейчас:
cd node_modules/.bin/ grep -rn '#!/bin' | cut -d: -f1 | xargs ls -l
И видим такую историю:
Нет прав на запуск у файлов, добавим их:
grep -rn '#!/bin' | cut -d: -f1 | xargs chmod +x
после чего видим:
теперь npm run заработает как положено